Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

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Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
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