Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HPS3Q969F9 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HPS3Q969F9 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms