Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL18A1P39060 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms