Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS28Q9UK41 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms