Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM28Q13263 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
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