Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP4Q13107 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP4Q13107 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP4Q13107 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP4Q13107 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP4Q13107 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP4Q13107 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
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