Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms