Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms