Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC9Q9Y3X0 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC9Q9Y3X0 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms