Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMCH1Q9UPQ0 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms