Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms