Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS54Q9P1Q0 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS54Q9P1Q0 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms