Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms