Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TRERF1Q96PN7 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms