Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC43Q96MW1 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC43Q96MW1 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms