Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN4AP35499 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN4AP35499 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms