Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC26.2■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms