Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms