Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms