Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN9AQ15858 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN9AQ15858 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
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