Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
SP140Q13342 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
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SP140Q13342 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
SP140Q13342 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
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SP140Q13342 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
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SP140Q13342 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
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SP140Q13342 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
SP140Q13342 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.68
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SP140Q13342 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
SP140Q13342 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.7 ms