Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
MSX1P28360 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
MSX1P28360 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
MSX1P28360 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
MSX1P28360 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
MSX1P28360 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms