Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
HLA-DOAP06340 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HLA-DOAP06340 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms