Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP4O75161 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP4O75161 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms