Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
VPS4AQ9UN37 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS4AQ9UN37 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms