Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
UPF3AQ9H1J1 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UPF3AQ9H1J1 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms