Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms