Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP53Q70EK8 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms