Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL9A3Q14050 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
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