Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms