Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC88BA6NC98 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.13
CCDC88BA6NC98 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC88BA6NC98 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms