Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AL357153.4-201ENST00000620487 1016 ntBASIC9.75□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 UNC5D-201ENST00000287272 8662 ntTSL 5 BASIC9.75□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 RORA-201ENST00000261523 1951 ntTSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 UBE2V1-201ENST00000340309 2536 ntTSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 GDPD4-202ENST00000376217 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 NEMP1-201ENST00000300128 5590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 RACGAP1-221ENST00000551016 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 LINC01224-203ENST00000596283 2766 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC018717.1-201ENST00000457712 1505 ntBASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 LINC01620-202ENST00000372910 649 ntTSL 5 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SOCS5P1-201ENST00000440415 949 ntBASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC113331.2-201ENST00000445557 926 ntAPPRIS P1 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC009963.3-201ENST00000458090 486 ntBASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC007998.1-201ENST00000474156 672 ntBASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC006539.1-201ENST00000481419 501 ntBASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AGK-205ENST00000492693 1046 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 RN7SL104P-201ENST00000498686 293 ntBASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC013724.1-201ENST00000511962 783 ntTSL 2 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 RN7SKP35-201ENST00000517210 151 ntBASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC119044.1-202ENST00000548463 339 ntTSL 2 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 RGS6-215ENST00000554782 1110 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC127522.1-201ENST00000560531 751 ntTSL 2 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC135050.4-201ENST00000568708 504 ntTSL 5 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AP003774.2-201ENST00000569737 558 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 OR5T2-202ENST00000641661 2062 ntAPPRIS ALT2 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 NCOA3-202ENST00000371998 4668 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 ATL3-201ENST00000398868 7135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 ZNF559-ZNF177-203ENST00000541595 2435 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 IRF6-201ENST00000367021 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AL133243.2-201ENST00000610331 1621 ntBASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 ADH1B-205ENST00000625860 4059 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 C12orf4-209ENST00000545746 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 OR4N5-202ENST00000641086 2187 ntAPPRIS P1 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 MAGEB16-203ENST00000399988 1682 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 CASC18-202ENST00000548557 2503 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 MRRF-202ENST00000344641 9826 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 NAV1-202ENST00000367296 13091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 ART4-201ENST00000228936 5129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 ZFP90-201ENST00000398253 4384 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 CTNND1-221ENST00000529873 5931 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 CTNND1-227ENST00000530748 5925 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 OR4K17-203ENST00000641633 5068 ntAPPRIS P1 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 COL6A6-201ENST00000358511 9581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.74□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC053481.2-202ENST00000582394 1500 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC084782.1-201ENST00000564401 2465 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 GLRA3-201ENST00000274093 8770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 NRG3-208ENST00000556918 1581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 OR7E25P-201ENST00000344844 931 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 RN7SKP121-201ENST00000410842 305 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC079760.2-203ENST00000418395 489 ntTSL 3 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC097463.1-201ENST00000447288 481 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 RBBP4P1-201ENST00000502424 1276 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 KHDC1P1-201ENST00000511053 508 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 DEFB134-202ENST00000526438 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AL132800.1-201ENST00000555109 698 ntTSL 5 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 DAAM1-208ENST00000556135 582 ntTSL 3 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 TPRX1P1-201ENST00000557620 319 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC004917.1-204ENST00000592441 701 ntTSL 2 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.179-201ENST00000619020 241 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SSX4B-202ENST00000619890 1092 ntTSL 5 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SSX4-202ENST00000620320 1092 ntTSL 5 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 ADAMTS9-AS1-210ENST00000625328 699 ntTSL 5 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 OR7E91P-202ENST00000642062 1198 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 POLR1B-203ENST00000409894 4457 ntTSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AL139384.2-201ENST00000613809 3590 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC005332.9-201ENST00000620266 2921 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 METTL8-201ENST00000375258 8203 ntTSL 5 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SLC7A2-204ENST00000494857 7622 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 FBXW12-204ENST00000445170 1379 ntTSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SLC4A4-204ENST00000425175 7596 ntTSL 5 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 CUBNP3-201ENST00000457461 1784 ntBASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 HMGB1-203ENST00000341423 5485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC107983.2-201ENST00000425211 4735 ntTSL 2 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 NCKAP1L-201ENST00000293373 9016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SPTAN1-223ENST00000630866 7498 ntTSL 5 BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 ZNF426-201ENST00000253115 7085 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.73□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 MT4-201ENST00000219162 294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 RFPL3S-201ENST00000382084 1117 ntTSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AL133465.1-201ENST00000432942 512 ntTSL 3 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AF127936.1-201ENST00000435315 695 ntTSL 3 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC084211.1-201ENST00000473893 328 ntTSL 2 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC022441.2-201ENST00000514113 382 ntTSL 3 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC069113.2-201ENST00000517735 359 ntTSL 3 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC022973.3-201ENST00000521014 467 ntTSL 5 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SNHG1-212ENST00000539975 955 ntTSL 5 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AL158058.1-201ENST00000549515 647 ntTSL 2 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AC020909.2-201ENST00000595005 626 ntTSL 2 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 CNTN4-202ENST00000397461 5198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 MRPS23-201ENST00000313608 5621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 GAS2-201ENST00000278187 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 BRCA1-201ENST00000352993 3668 ntTSL 5 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 MYPN-205ENST00000613327 6116 ntTSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 VEPH1-205ENST00000468233 1401 ntTSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SOX5-202ENST00000381381 3991 ntTSL 5 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 GPR151-201ENST00000311104 3088 ntAPPRIS P1 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 AL512624.2-201ENST00000621705 2566 ntTSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SLC2A14-201ENST00000340749 3699 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 TDP1-201ENST00000335725 3702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SLF2-202ENST00000370269 3712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
TCOF1Q13428 SCGB3A2-201ENST00000296694 515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.9 ms