Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD3P31249 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms