Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms