Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP28Q96RU2 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 106.6 ms