Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC54Q8NEL0 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms