Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.76■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
CCDC88BA6NC98 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC88BA6NC98 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms