Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMD1Q9UGP4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMD1Q9UGP4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMD1Q9UGP4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMD1Q9UGP4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMD1Q9UGP4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms