Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VSX1Q9NZR4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX1Q9NZR4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VSX1Q9NZR4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VSX1Q9NZR4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms