Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
NUP88Q99567 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.46■■■□□ 2.47
NUP88Q99567 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
NUP88Q99567 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
NUP88Q99567 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
NUP88Q99567 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
NUP88Q99567 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC30.44■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC30.41■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
NUP88Q99567 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC30.37■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC30.35■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
NUP88Q99567 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC30.28■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
NUP88Q99567 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC30.26■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
NUP88Q99567 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
NUP88Q99567 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.12■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms