Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HMGB4Q8WW32 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HMGB4Q8WW32 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HMGB4Q8WW32 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGB4Q8WW32 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HMGB4Q8WW32 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGB4Q8WW32 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms