Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
HOXD9P28356 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
HOXD9P28356 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
HOXD9P28356 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
HOXD9P28356 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXD9P28356 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXD9P28356 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms