Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SDCBPO00560 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDCBPO00560 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms