Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms