Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
USF3Q68DE3 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms