Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USP4Q13107 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
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USP4Q13107 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
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USP4Q13107 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USP4Q13107 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
USP4Q13107 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
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