Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL5A3P25940 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL5A3P25940 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL5A3P25940 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL5A3P25940 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms