Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC9Q9Y3X0 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC9Q9Y3X0 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms