Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
PCIF1Q9H4Z3 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms