Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
NUP88Q99567 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NUP88Q99567 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms